Trucs et astuces pour optimiser l'utilisation de Zotero dans le contexte d'une revue de littérature ou d'une revue systématique
- Créer une bibliothèque de groupe pour votre revue
- Enregistrer les références par import de fichier plutôt que par le connecteur Zotero (bouton "Save to Zotero" dans votre navigateur)
- Snowballing, ou enregistrer toutes les références citées par un article
- Organiser sa bibliothèque avec des marqueurs
- Fusionner les doublons par lot avec Zotero Duplicates Merger
- Automatiser et optimiser la recherche du texte intégral
Même si vous travaillez seul, il est préférable de créer une bibliothèque de groupe pour votre revue de littérature, cela facilitera notamment la gestion des doublons. La recherche de doublons s'exécute toujours sur tout le contenu d'une bibliothèque, il n'est pas possible de la lancer seulement sur une partie de votre bibliothèque (une collection par exemple).
Enregistrer les références par import de fichier plutôt que par le connecteur Zotero (bouton "Save to Zotero" dans votre navigateur)
Cliquer sur le bouton "Save to Zotero" est la meilleure méthode pour enregistrer des documents dans votre bibliothèque au fil de votre navigation dans les bases de données, lorsqu'il s'agit d'enregistrer un document après l'autre.
Dans le cadre d'une revue de littérature où vous devez enregistrer d'un seul coup depuis une base de données tous les résultats d'une équation de recherche, l'import de fichier est plus adapté, car beaucoup plus rapide.
Voici comment procéder dans différents outils de recherche bibliographique, à partir d'une liste de résultats.
- Cliquez sur Send to > Citation manager.
- Dans le menu Selection choisissez All results.
- Enregistrez le fichier .nbib ainsi généré sur votre ordinateur.
- Allez ensuite dans Zotero, dans le menu Fichier >Importer... et sélectionnez ce fichier .nbib.
- Suivez les étapes, les références sont automatiquement importées dans votre bibliothèque.
- Dans le menu All cochez le bouton Select All,
- Puis dans le menu Export sélectionnez le format BibTex et choisissez les informations à exporter.
💡 N'oubliez pas le résumé, il n'est pas inclus par défaut.
💡 Il est recommandé d'utiliser préférentiellement le format BibTeX au format RIS, car il conserve les prénoms des auteurs sous leur forme complète. Dans le format RIS, les prénoms sont abrégés à leur initiale.
- Cliquez sur Export.
- Une boîte de dialogue s'affiche, choisissez Ouvir avec > Zotero.
- Les références sont automatiquement importées dans votre bibliothèque.
Lorsque vous incluez le résumé, une limitation à 20'000 références s'applique pour l'export. Si vous souhaitez exporter plus de 20'000 références, utilisez les filtres par date pour créer des lots par année de publication. Vous serez ainsi sûr d'inclure tous les résultats dans vos exports.
A partir d'une liste de résultats, cliquez directement sur Export pour afficher toutes les options vous permettant de choisir :
- le format d'export,
- puis les références à exporter,
- et les champs à exporter.
Le format RIS permet une détection et un import automatiques du fichier dans Zotero.
- les titres de revue sont entièrement en majuscules, ce qui contraint à de fastidieuses corrections du champ "Publication" pour conserver seulement les majuscules initiales,
- il ne permet pas d'exporter des champs complémentaires, sélectionnés avec l'option Custom selection.
💡 Il convient par conséquent de privilégier le format Plain Text File et d'importer le fichier ainsi généré de la même façon que pour PubMed.
Une limitation à 1'000 références s'applique pour l'export. Comme pour Scopus, il faut procéder par petits lots successifs si vous souhaitez exporter plus de 1'000 références.
Sur la plateforme EBSCOhost , le fichier d'export est mis à disposition à un lien dédié, dont l'URL vous est envoyée par messagerie électronique. Cette procédure présente l'inconvénient d'être moins directe et immédiate que les exports directs disponible sur les outils précédemment cités, toutefois elle autorise des exports plus massifs, jusqu'à 25'000 références. Le lien pour télécharger le fichier peut être envoyé à plusieurs adresses de messagerie.
- Depuis la liste de résultats que vous souhaitez exporter, cliquez sur Partager > Résultats de l'exportation : Envoyer un e-mail avec un lien permettant de télécharger les résultats exportés (jusqu'à XXX) (XXX remplace le nombre de résultats de votre requête).
- Sur la page suivante, saisissez les adresses de messagerie auxquelles le lien doit être envoyé, choisissez le format Format RIS (par ex. CITAVI, EasyBib, EndNote, ProCite, Reference Manager, Zotero) si ce dernier n'est pas sélectionné par défaut, et enfin cliquez sur Envoyer.
- Vous recevrez dans un délai de quelques minutes le lien vous permettant de télécharger le fichier .RIS comportant toutes les références.
- Une fois extrait de l'archive .zip le fichier .RIS, il suffit de l'importer dans Zotero depuis le menu Fichier>Importer...
- Modifiez le nombre le nombre de résultats par page en le passant à la valeur maximale proposée, c'est-à-dire 100 : cela vous permettra de sélectionner d'un seul clic toutes les références affichées sur la page.
- Une fois les références sélectionnées, cliquez sur Envoyer > Citations (ris).
- Une boîte de dialogue vous permettra d'importer le fichier dans Zotero.
💡 Vous pouvez sélectionner consécutivement plusieurs pages de résultats avant de lancer l'export, afin d'enregistrer d'un seul coup plus de 100 références.
Le snowballing fait partie des méthodes de recherche bibliographique utilisables pour une revue de littérature ; elle peut être requise.
Nous vous présentons ici des outils permettant d'enregistrer automatiquement toutes les références citées par un article. Combiné à la fonctionnalité de Connexe de Zotero, cela permet de retrouver rapidement dans une bibliothèque Zotero tous les articles cités par un article donné, et de restituer le lien de citation.
Notez que vous pouvez avec ces mêmes outils retrouver et enregistrer non seulement les références citées, mais également les références citantes, c'est-à-dire les références des articles ultérieurs qui citent l'article considéré.
Les références citées non indexées dans la base de données sont traitées différemment dans Scopus et Web of Science.
- Dans Scopus elles sont exportées mais incomplètes.
- Dans Web of Science Core Collection elles ne sont pas exportées du tout.
💡 Il est donc préférable d'utiliser préférentiellement Scopus pour cet usage.
Voici comment procéder à partir de Scopus, la procédure est similaire pour le Web of Science.
- Sur la page d'un article, allez à la rubrique References et cliquez sur le lien permettant d'afficher la liste des références sous la forme d'une liste de résultats. Dans Scopus il s'agit de View in search results format. Vous pouvez ensuite effectuer l'export de toutes les références comme décrit précédemment.
- Dans votre bibliothèque Zotero, sélectionnez l'article dont vous venez d'importer la bibliographie, puis cliquez sur Ajouter dans l'onglet Connexe et sélectionnez toutes les références que vous venez d'importer.
- Un lien réciproque est créé entre l'article et chacune des références qu'il cite. Ces liens sont affichés dans l'onglet Connexe ; ils vous permettent de naviguer de l'article aux références qu'il cite et inversement.
Citation Chaser, développé et mis à disposition par des chercheurs en écologie, présentent de nombreux avantages.
- Son utilisation est libre et gratuite.
- La base de données d'indexation des citations utilisée est la base de données non commerciale Lens.org, offrant une couverture plus large que celle de Scopus ou du Web of Science puisqu'elle combine Microsoft Academic, PubMed, CORE et Crossref.
- La recherche et l'export des références citées et citantes est très simple et rapide à effectuer, comme le montre les captures d'écran ci-dessous.
- L'onglet Article input permet de charger les articles à considérer, à partir de la saisie d'un de leurs identifiants (PMID, DOI, etc. ), d'un fichier .csv ou d'un fichier .ris.
- Les onglets References et Citations permettent ensuite de rechercher et exporter au format .ris respectivement les références citées et les références citantes.
- Les onglets Analysis et Network fournissent des fonctionnalités complémentaires d'analyse et de visualisation.
Haddaway, N. R., Grainger, M. J., Gray, C. T. 2021. citationchaser: An R package and Shiny app for forward and backward citations chasing in academic searching. doi: 10.5281/zenodo.4543513
Zotero dispose de plusieurs outils pour organiser une bibliothèque :
- les collections -> plus ou moins des dossiers, plutôt des listes de lecture,
- les marqueurs -> des mots-clés,
- les recherches enregistrées -> des collections dynamiques,
- les documents connexes -> pour établir des liens entre les documents,
- les notes -> indexées par le moteur de recherche de Zotero, saisies dans un éditeur html permettant une mise en forme.
Pourquoi privilégier les marqueurs plutôt que les collections?
2 raisons principales :
- Lisibilité : grâce à l'onglet "Marqueurs" du volet de droite vous visualisez immédiatement tous les marqueurs associés à un document ; grâce aux marqueurs colorés vous visualisez rapidement tous les documents associés à un marqueur.
- Portabilité : les marqueurs font partie des informations bibliographiques du document et sont ainsi, par exemple, exportés au même titre que toutes les autres informations bibliographiques lorsque vous exportez des documents dans un fichier au format .ris, . csv, etc. Les collections et les recherches enregistrées relèvent en revanche de l'interface de votre bibliothèque, l'information du classement dans une collection n'est pas enregistrée en tant qu'information bibliographique du document.
Source : Mini-site Zotero Lausanne > Tutoriel Zotero
Lorsque vous affichez les doublons potentiels repérés par Zotero en cliquant sur la collection Doublons, vous devez ensuite valider individuellement chaque doublon pour fusionner les enregistrements concurrents. Ce fonctionnement est optimal pour éviter les faux positifs, c'est-à-dire fusionner automatiquement des documents qui ne sont pas des doublons. Il peut toutefois être pénalisant dans le cadre d'une revue de littérature, lorsque vous effectuez des imports par lot depuis différentes bases de données comme décrit précédemment. Vous enregistrez alors des volumes importants de références, avec potentiellement un nombre important de doublons, du fait des recouvrements entre les bases de données interrogées. Le risque de faux positif est par ailleurs quasiment nul.
Vous pouvez alors recourir avec profit à la fonctionnalité de dédoublonnage par lot du module complémentaire Zotero Duplicates Merger. Zotero Duplicates Merger ajoute en effet une option de fusion des doublons par lot ou Bulk merge .
Voici comment l'activer.
- Dans la collection Doublons de votre bibliothèque Zotero, sélectionnez tous les documents affichés dans le panneau central de Zotero.
- Affichez le menu contextuel par un clic-droit sur cette sélection.
- Choisissez l'option Duplicates Merger > Bulk merge duplicates.
Notez que Zotero Duplicates Merger offre d'autres fonctionnalités tels qu'un bouton de raccourci pour fusionner les documents ou la définition du critère de choix de la version du document à conserver comme document maître lors de la fusion (la plus ancienne, la plus récente ou celle avec le nom de premier auteur le plus long).
Zotero dispose de fonctionnalités par défaut pour rechercher et enregistrer automatiquement le texte intégral, telles que les suivantes.
- L'enregistrement automatique du PDF présent sur une page web lorsque vous utilisez le connecteur Zotero (bouton Zotero dans votre navigateur).
- La détection et l'enregistrement automatiques du proxy de l'université pour vous rediriger vers les accès souscrits par l'université lorsque vous naviguez sur les sites des éditeurs - voir Documentation Zotero : Les préférences du connecteur Zotero > Préférences pour les serveurs mandataires.
- La recherche automatique de PDF disponibles en libre accès grâce à Unpaywall - description de la fonctionnalité sur le blog Zotero francophone.
Deux fonctionnalités complémentaires vous permettent d'augmenter ces fonctions de recherche. Elles sont toutes les 2 accessibles depuis le menu Localiser, c'est-à-dire la flèche verte en haut du volet de droite dans votre bibliothèque Zotero. Il s'agit de :
- la configuration OpenURL pour l'Université de Bordeaux,
- la personnalisation des moteurs de recherche intégrés à Zotero.
Pour la configuration OpenURL, il suffit :
- d'aller à l'onglet Avancées > Générales des Préférences,
- dans la rubrique OpenURL, ouvrir le menu déroulant et naviguer dans la liste géographique jusqu'à l'entrée "Université de bordeaux".
- En cliquant sur le menu Localiser > Rechercher dans la bibliothèque, vous afficherez le document dans Babord+ avec toutes les options d'accès de l'université de Bordeaux.
Ces moteurs de recherche vous permettent de lancer une recherche dans diverses sources pour trouver un fichier de texte intégral disponible sur un site web personnel (moteurs Google, Google Scholar), ou pour compléter les informations bibliographiques de vos documents (moteur Sudoc pour les livres et les thèses, moteur PubMed pour les articles).
Pour en savoir plus concernant la personnalisation des moteurs de recherche et découvrir d'autres moteurs que ceux installés dans le fichier de moteurs préconfiguré ci-dessous, consultez le billet du blog Zotero francophone Les moteurs de recherche intégrés à Zotero.
Vous trouverez dans le fichier engines_BX-svs.json les moteurs de recherche ci-dessous.
- Bordeaux + - Université de Bordeaux
- Crossref
- Google Scholar
- Google Scholar - Title Only
- SUDOC
- SUDOC - auteur(s)/titre
- SUDOC - auteur(s)/titre/ISBN
- SUDOC - ISBN
- PubMed DOI
- PubMed (title + author)
Voici comment procéder pour installer ce fichier dans Zotero.
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📥 Téléchargez le fichier en faisant un clic droit sur ce lien : engines_BX-svs.json et en choisissant "Enregistrer le lien sous…" ou "Enregistrer la cible du lien sous...".
-
Renommez-le ensuite en
engines.json. -
🖱️ Copiez-le dans le répertoire
locatede votre répertoire de données Zotero, en remplacement du fichier existant.
ℹ️ Pour accéder à votre répertoire de données Zotero depuis les Préférences de Zotero, cliquez sur :
Avancées > Fichiers et dossiers > Ouvrir le répertoire de données
- Redémarrez Zotero : lorsque vous sélectionnez un document de votre bibliothèque, vous devez voir s'afficher vos nouveaux moteurs de recherche sous le menu Localiser.