eSUS PEC

Compatível e testado com

É um sistema bastante utilizado por profissionais de saúde da Atenção Básica para registros de pacientes e dados de saúde. Esse repositório se propõe a criar uma estrutura docker com linux para viabilizar o deploy do sistema em qualquer ambiente que tenha docker e facilitar a instalação e atualização do sistema e-SUS PEC

Instalação TD;LR

Baixe o jar da aplicação e execute o script de instalação para um banco de dados novo, use o argumento -t se quiser que a versão instalada seja de treinamento:

wget https://https://arquivos.esusab.ufsc.br/PEC/c0d1d77e70c98177/5.2.38/eSUS-AB-PEC-5.2.38-Linux64.jar
sh build.sh -f eSUS-AB-PEC-5.2.38-Linux64.jar

Para execução com banco de dados externo:

1. Configure as variáveis de ambiente disponíveis em .env.external-db.example colando em .env.external-db

sh build.sh -e

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Sumário

1. Alinhando conhecimentos
2. Preparando pacotes
3. Instalação do PEC
4. Versão de Treinamento
5. Migração de Versão PEC
6. Outras informações relevantes

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Alinhando conhecimentos

Para poder rodar esse sistema é necessário ter conhecimentos básicos dos seguintes programas e ambientes:

• Linux: É o sistema opercional (OS) amplamente utilizado em servidores devido a sua segurança, leveza e versatilidade. Em servidores não temos uma identificação visual de pastas e arquivos, portanto toda a navegação e ações do usuário são por linhas de código
• Docker: É um programa que você deve pensar como um container com todos os arquivos dentro para rodar o sistema que você quer rodar ao final, ao colocar o container no seu servidor e rodar ele, deve então funcionar em qualquer ambiente da mesma forma. Isso dispensa o ter que configurar todo o ambiente para receber o programa, pois quem fez o container já fez isso para você.

Preparando pacotes

Tenha o docker e docker-compose instalado na máquina

Em uma VPS Ubuntu ou Debian, vamos instalar o docker:

sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin

Para controle dos containers pode ser útil utilizar o Portainer, assim ficará mais fácil verificar os erros e entrar nas aplicações:

docker volume create portainer_data
docker run -d -p 8000:8000 -p 9443:9443 --name portainer --restart=always -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v portainer_data:/data portainer/portainer-ce:latest

Instalação do PEC

Para instalação foi criado um script que posse ser executado copiando o bloco abaixo, se você estiver migrando de versão leia o parágrafo abaixo

1. Baixe o pacote do programa PEC na versão que deseja instalar/atualizar. Você pode também baixar no site oficial do PEC APS

wget https://arquivos.esusab.ufsc.br/PEC/mtRazOmMxfBpkEMK/5.2.28/eSUS-AB-PEC-5.2.28-Linux64.jar

Gostaria de migrar de outro banco de dados? Acesse a seção de migração

2. Rode o script para instalar o pacote baixado e criar o container

sh build.sh -f eSUS-AB-PEC-5.2.28-Linux64.jar

Para instalar a versão de treinamento use o argumento -t

sh build.sh -f eSUS-AB-PEC-5.2.28-Linux64.jar -t

Patrocínio

Agradecimentos à equipe NoHarm que investiu nesse projeto para facilitar a instalação dessa aplicação tão amplamente utilizada no SUS/Brasil.

Apoie também esse e outros projetos.

Versão de Treinamento

O pacote java disponibilizado pelo Ministério da Saúde/Secretaria de Atenção Primária à Saúde. Laboratório Bridge/Universidade Federal de Santa Catarina. Página de Suporte

Documentação do pacote java

O pacote nos concede algumas opções além da de treinamento que vale à pena dar uma olhada, é utilizado no nosso script de criação da aplicação:

# java -jar {pacote} -help
Usage: <main class> [[-url=<url>] [-username=<username>]
                    [-password=<password>]] [[-restore=<dumpFilePath>]]
                    [[-backup]] [-console] [-continue] [-help] [-treinamento]

Parâmetro	Descrição
-console	Inicializa o assistente em modo linha de comandos. Se omitido esse parâmetro, o assistente inicializa em modo interface gráfica.
-treinamento	Indica que a Nova Instalação será de Treinamento. Se omitido esse parâmetro, a Nova Instalação será de Produção.
-help	Mostra estas informações sobre a utilização dos parâmetros do assistente.
-continue	Modo não interativo. Continua com a execução das tarefas necessárias sem a necessidade de confirmação do usuário.
-url=<url>	URL de conexão para acesso ao Banco de Dados
-username=<username>	Nome de usuário para acesso ao Banco de Dados
-password=<password>	Senha para acesso ao Banco de Dados
-restore=<dumpFilePath>	Caminho do arquivo de backup do Banco de Dados do PEC
-backup	Cria um backup do Banco de Dados antes de atualizar. Se omitido esse parâmetro, não será realizado um backup.

Backup e Restauração de Banco de Dados

Fazendo backup

docker compose exec -it psql bash -c 'pg_dump --host localhost --port 5432 -U "postgres" --format custom --blobs --encoding UTF8 --no-privileges --no-tablespaces --no-unlogged-table-data --file "/home/$(date +"%Y_%m_%d__%H_%M_%S").backup" "esus"'

Restaurando backup

pg_restore -U "postgres" -d "esus" -1 "/home/seu_arquivo.backup"

psql -U postgres esus < backupfile.sql

Migração de Versão PEC

⚠️ Disclaimer: É importante notar, segundo nota da própria equipe que mantém o PEC, que a migração do banco de dados em sistema linux não tem tantas verificações quanto o Windows, podendo, talvez, existir alguma versão de banco sem a migração adequada. Testado e funcionou após migrar a versão de 4.2.6 para 4.5.5 .

1. Crie um backup do banco de dados e retire da pasta data

docker exec -it esus_psql bash -c 'pg_dump --host localhost --port 5432 -U "postgres" --format custom --blobs --encoding UTF8 --no-privileges --no-tablespaces --no-unlogged-table-data --file "/home/$(date +"%Y_%m_%d__%H_%M_%S").backup" "esus"'
sudo cp data/backups/nome_do_arquivo.backup .

Ou pode-se optar por fazer o backup pela própria ferramenta do PEC, use:

java jar esus-pec.jar -help

Para mais informações.

2. Exclua todo o banco de dados e dados relacionados em volume

docker-compose down --remove-orphans --volumes
sudo rm -rf data

3. Crie o banco de dados

docker-compose up -d psql

4. Copie o arquivo de backup

sudo cp nome_do_arquivo.backup data/backups/

5. Crie o banco de dados com base no backup

docker exec -it esus_psql bash
pg_restore --verbose -U "postgres" -d "esus" -1 /home/seu_arquivo.backup

6. Instale o programa

Fora do container, na pasta raiz do projeto execute, substituindo o nome do pacote eSUS-AB-PEC-5.0.8-Linux64.jar para a versão que você vai instalar em sua máquina.

sh build.sh -f eSUS-AB-PEC-5.0.14-Linux64.jar

Comandos interessantes

Caso o container tenha sido interrompido sem querer, o comando abaixo pode ser útil

# Em linux
make run
# Depois de rodar novamente os containers
docker-compose up -d
# Caso nenhum dos anteriores funcione execute diretamente o executável do sistema pec
docker-compose up -d esus_app /opt/e-SUS/webserver/standalone.sh

Bugs Conhecidos (Known Issues)

• Testes realizados com versão 4.2.7 e 4.2.8 não foram bem sucedidos
• A versão 4.2.8 está com erro no formulário de cadastro, nas requisições ao banco de dados, pelo endpoint graphql, retorna "Não autorizado"
• Verificar sempre a memória caso queira fazer depois em servidor. Senão ele trará no console um Killed inesperado https://stackoverflow.com/questions/37071106/spring-boot-application-quits-unexpectedly-with-killed
• Não instale a versão 5.0.8, do de cabeça, não carrega alguns exames e atendimentos de forma aparentemente aleatória, corrigido após instalar versão 5.0.14

Lista de Versões para Download